Hoy, en vísperas de nuestro centenario, todos los que formamos parte de este proyecto: dirigentes, árbitros, periodistas, simpatizantes, familias y jugadores, todos los que creemos y seguimos apostando al fútbol local, camiseta futbol baratas nos enorgullecemos por seguir construyendo la LIGA VILLAMARIENSE DE FÚTBOL. Por su parte, para clasificarse para la Copa de España de Fútbol Sala que se disputa a mitad del campeonato, los equipos deberán haber terminado entre las ocho primeras plazas de la liga al término de la primera vuelta. El cambio de entrenador a falta de diez jornadas (Christian Ziege por Josico Moreno) dio lugar a una espectacular remontada que metió al equipo en la cuarta plaza y en la promoción de ascenso a Segunda División A en la última jornada. Se volvió a confeccionar un equipo con aspiraciones de ascenso manteniendo a Christian Ziege como entrenador; pero nuevamente ofreció un rendimiento inferior al esperado, transitando por la zona media de la tabla y esta vez sin el bálsamo que supuso la consecución de la Copa RFEF la pasada temporada.
El entrenador Avraham Grant, que tan buenos resultados había conseguido al frente de la selección, dejó el cargo el 26 de octubre de 2005. Su sucesor fue Dror Kashtan, el técnico más laureado del fútbol israelí a nivel de clubes. Paralelamente a los resultados del primer equipo, que no fueron los esperados en comparación con los obtenidos durante la década anterior, durante las últimas temporadas se vivió un paulatino enfriamiento del clima a nivel social debido principalmente a la escasa relación entre la propiedad de la SAE y la afición, debido sobre todo a la falta de participación de ésta en el funcionamiento de la entidad, hecho común a muchas sociedades anónimas deportivas al quedar el accionariado concentrado en pocas manos. El Torneo de Apertura 2007, jugado sin fase de play-offs, debido a la participación de la selección chilena, en la Copa América de Venezuela, fue ganado nuevamente por Colo-Colo, en una reñida disputa con Universidad Católica, a la que superó por un punto de diferencia (en la antepenúltima fecha, los albos vencieron como locales, por 2-1 a los cruzados). La temporada 2022-23 se planificó con un recorte presupuestario importante que repercutió en la calidad de la plantilla.
A raíz de este hecho el club aplicó un ERTE a toda la plantilla. La crisis institucional que sufría el club, con la marcha de los principales inversores y la supervivencia del club en entredicho, obligaron a confeccionar un equipo modesto económicamente y para mantener la categoría; pero desde el principio se situó en los primeros lugares de la clasificación, e incluso fue líder en bastantes jornadas. Una vez en la Euro 2016, los Vikingos superaron la primera fase con un gol en el minuto 94 que les permitió vencer a Austria y alcanzar el segundo puesto de su grupo. Después de superar la fase autonómica, el equipo fue superando rondas y rivales: CF Badalona, CF Lorca Deportiva, Elche Ilicitano y Gimnástica de Torrelavega hasta plantarse en la final. Fuese o no por los malos resultados deportivos, al final de la temporada el presidente Fernando Crespí y el máximo accionista del club, Bartomeu Cursach, anunciaron su retirada de la primera línea del club. En la ciudad se movían políticos y otras entidades, se creó una plataforma de aficionados para la salvación del club, y cuando todo se veía muy negro llegó la mano salvadora de Francisco Gómez Hernández. El equipo tuvo un rendimiento por debajo de lo esperado y el entrenador fue cesado a media temporada; pero la situación siguió sin mejorar, con un equipo en caída libre y metido en posiciones de descenso, con la salvación cada vez más lejos en la clasificación.
Los resultados no fueron los esperados y a media temporada el equipo había perdido las opciones de ascenso a Segunda División y veía peligrar su clasificación para jugar en Primera RFEF. Para la temporada 2012-13 el club volvió a hacer una gran inversión económica para clasificarse para la promoción de ascenso a Segunda División A, el Atlético Baleares contó en sus filas para esta temporada con jugadores de la talla de Walter Pandiani, Bjørn Johnsen, Roque Mesa o Jesús Perera pero el equipo transitó por media tabla durante todo el campeonato e incluso llegó a sufrir por mantener la categoría, pues aseguró la permanencia tan solo a dos jornadas para su conclusión. Desde los años 1920 el Baleares FC (luego Atlético Baleares) tuvo un equipo reserva que se mantuvo hasta los años 1950. Durante los años 1960 tuvo como equipo vinculado el CD San Javier, que ejerció de equipo filial. México es el único país hispanohablante que llama «fútbol» tanto al fútbol clásico como al fútbol americano e incluso, aunque no muy usual, puede usar los términos Soccer y Americano para diferenciarlos entre sí. La idea de Nacional es que el Parque vuelva a recibir el partido inaugural de la copa como lo hizo en 1930 junto con el desaparecido Estadio Pocitos.