Así se consumó la peor participación alemana en las Eurocopas junto con la del torneo de 2004, chandals futbol baratos pues por primera vez en su historia quedó eliminada en la ronda de grupos de una fase final. El torneo terminaría con una final disputada en el Estadio Olímpico de Roma entre alemanes y argentinos nuevamente, por lo que -por primera vez en la historia se repetía una final de forma consecutiva-. En semifinales eliminaron a la selección anfitriona, Inglaterra, luego de empatar el partido que iniciaron abajo en el marcador con gol a los tres minutos de Alan Shearer, Stefan Kuntz empató al minuto 16. El partido prosiguió a la prórroga y enseguida a los penales, los ingleses erraron en muerte súbita un tiro de Gareth Southgate, mientras que los alemanes con el penal de Möller acertaron todos sus tiros y avanzaron a la final. En 1996, siendo Berti Vogts el seleccionador y con motivo de la Eurocopa de Inglaterra, Alemania se clasificó tras finalizar primero del grupo 7 la eliminatoria, imponiéndose a Bulgaria por tres puntos encima. Quedó encuadrada en el grupo A junto con Inglaterra, Portugal y Rumania. Alemania estuvo encuadrada en el grupo 9 de las eliminatorias, en busca de la clasificación para el primer Mundial celebrado en Asia que también fue el primero co-organizado por dos países; Japón y Corea del Sur.
Para la Eurocopa de 2000 celebrada en Bélgica y en Países Bajos, Alemania logró su clasificación en el grupo 3 de la UEFA donde tuvo como rivales a la selección turca, la selección finlandesa, y las débiles representantes selección norirlandesa y selección moldava. En Liga de Campeones, el Atlético de Madrid quedó primero de grupo ante Benfica, Galatasaray y Astana, topándose en octavos de final con el PSV Eindhoven, al que venció una vez más en la tanda de penaltis, anotando Koke su correspondiente lanzamiento. El sorteo de la fase final determinó que el equipo fue designado al grupo A con antelación por ser el país anfitrión. En la fase final le fue asignado el grupo C, junto con Italia, República Checa y Rusia. En un rígido encuentro, la «Mannschaft» se impuso a la anfitriona por 1-0 con gol de Ballack al 75, clasificó así nuevamente a una final el 25 de junio en el Estadio mundialista de Seúl.
Seis días después, en cuartos de final disputó su primer encuentro en el país surcoreano, específicamente el Estadio Munsu de Ulsan, lograron vencer por la mínima a la selección estadounidense con gol de cabeza de Michael Ballack al 39 del encuentro. Lo negativo que dejó el pase para los de Rudi Völler fue la suspensión del citado Ballack para la final. Sin embargo, se recuperó lo suficiente para la final contra el West Ham United. El 1 de julio, disputó los cuartos de final en el Stadio Giuseppe Meazza contra la selección checoslovaca. Durante el Mundial de Francia 1998, los alemanes fueron eliminados nuevamente en cuartos de final, esta vez a manos de Croacia, que se cobró la revancha de 1996 -pues habían sido eliminados por los germanos en cuartos de la Eurocopa de 1996- endosándole un humillante 3-0 a la «Mannschaft». En cuartos de final se impusieron 2-1 a Croacia, en el cual nuevamente Klinsmann y Sammer marcaron los tantos para el triunfo germano, mientras que el croata Davor Šuker marcó el descuento para su equipo. Alemania enfrentó nuevamente a la selección checa como en la final de 1976 y tras el primer encuentro en la primera fase.
Luego del subcampeonato mundial obtenido en 2002 y ganar su clasificación en el grupo 5 de la eliminatoria venciendo 3-0 a Islandia, Alemania confirmó su asistencia en la duodécima edición de la Eurocopa celebrada en el país ibérico, Portugal. Esta composición del grupo levantó expectativas, pues el Barcelona y el Chelsea habían creado una gran rivalidad entre ellos, después del emparejamiento de ambos en eliminatorias llenas de polémicas las dos últimas temporadas, con una victoria cada uno. Con Franz Beckenbauer en el banquillo, en 1988 por primera vez albergaron la Eurocopa, así que sin disputar las eliminatorias europeas confirmaron su participación dos años antes. En la primera parte los dos selectivos se mantuvieron equilibrados, pero en la segunda parte República Checa marcó un gol de penalti de Patrik Berger en el 59. Sin embargo los alemanes reaccionaron al ingresar de cambio a Oliver Bierhoff, en el minuto 73 Bierfhoff consiguió el gol del empate; y ya en la prórroga el mismo Bierhoff marcó el gol de oro para Alemania en el minuto 95. La invicta selección de Alemania se coronó así por tercera vez como campeona de la Eurocopa tras la edición de 1980, obteniendo revancha ante los checos y rompiendo una sequía de dieciséis años sin ganarla.