Con la llegada de Sanvicente empezó con buen pie y venció en su primer partido 3-0 al Zamora Fútbol Club. En el primer partido jugado en Talca, Rangers ganó 2-1, pero en la vuelta en Coronel, los carboneros ganaron también por 2-1, forzando a una definición a penales, que ganó Lota por 4-3. El 25 de noviembre de 2007, alcanza el retorno a la División de Honor, siendo subcampeón de la Primera B de ese año, superado en la tabla de posiciones por Provincial Osorno (que también ascendió ese mismo día), tras vencer 3 goles a 0 a su archirrival Curicó Unido. En mayo, Nacional inició su participación en el campeonato bajo el nombre extraoficial de Independiente Nacional, denominación adoptada por los jugadores, pero que nunca apareció en las planillas oficiales. El Independiente Medellín, quien también estaba en una crisis económica, hizo una alianza con Nacional y le prestó algunos jugadores para la temporada. En la temporada 2010/11, el Burgos CF y el por aquel entonces equipo de la capital bajo la denominación de Club Deportivo Estructuras Tino, firman un convenio de filialidad en el verano de 2010; en el cual el Burgos CF se compromete a ayudar económicamente al filial y este cedería jugadores cuando el primero lo requiriese.
La alianza con el Independiente Medellín tan solo duró un año, aunque la singular denominación continuó durante el siguiente campeonato. Sin embargo, con los nuevos dirigentes no llegaron los éxitos deportivos; si bien, continuaron con la nómina de jugadores colombianos, ese año y el siguiente el equipo terminó en la cola del campeonato. El equipo de solo colombianos arrancó bien, con buenos resultados y con gran preparación física -algo que en aquel entonces no se trabajaba en todos los equipos-. Lo destacable fue la regularidad de Balassanián que continuó haciendo goles, y el marcador de punta Cristóbal Yotagrí, quien se destacó como uno de los mejores jugadores del campeonato. Junto a él, fueron figuras, entre otros, Hernán Escobar Echeverry e Ignacio Calle, los arqueros Julio «Chonto» Gaviria y Gabriel Mejía; el uruguayo Julio Ulises Terra, los argentinos Atilio Miotti, Miguel Juan Zazini, Nicolás Gianastasio y Carlos Gambina, camisetas futbol este último fue el goleador del campeonato con 21 tantos. Fue la primera vez que derrotó al Medellín en cancha, ya que la anterior victoria, el 23 de julio de 1950, le fue otorgada al Medellín debido a una huelga de jugadores. ↑ Vanguardia, ed. (8 de julio de 2013). «Estadio de Floridablanca se podría llamar Carlos Ardila Lülle».
↑ «El Barça Femenino B se proclama campeón de la Segunda División». El campeonato continuaba jugándose en dos torneos, Apertura y Finalización, pero se estableció que los dos primeros de cada torneo, clasificaban a un cuadrangular final, en el cual se definía al campeón. En la actualidad, la FIFA entrega oficialmente el tercer lugar a los Estados Unidos, lo que puede deberse a la utilización de la diferencia de goles para dirimir la situación (ver clasificación oficial aquí). El país latinoamericano se convertía así en el primer país en albergar 2 citas mundiales, ya que la previamente seleccionada para acoger el evento, Colombia, finalmente tuvo que declinar ante la imposibilidad de cumplir con los requisitos que exigía la FIFA. La sentencia, que declaraba nulo el acuerdo de aprobación de esa modificación del P.G.O.U., era recurrible en casación ante el Tribunal Supremo. En 1964 el argentino Juan Urriolabeitia, que estaba desde el año anterior junto con Balassanián y otros compatriotas suyos, se convirtió en técnico y jugador al mismo tiempo del equipo. En 1958 los dirigentes del club hicieron una declaración en la que se informaba que solo se le renovaría el contrato a cinco jugadores, dejando al resto en libertad de escoger dónde jugar ese año.
En enero de 1960, tras dos años en los que la administración del equipo estuvo en manos de los jugadores (1958 y 1959), se anunció un relevo en la dirección del Nacional y los antiguos dirigentes retomaron la riendas del equipo. En aquel torneo, Nacional cumplió una buena presentación. Tras el título de 1954, Nacional continuó con extranjeros y en 1955 logró cumplir con una buena campaña. De 18 partidos disputados, Nacional ganó 14, empató 3 y tan solo perdió uno (el penúltimo contra el Boca Juniors de Cali). En el fútbol los partidos de la Serie A, la Serie B y la Serie C se transmiten en forma exclusiva y en vivo por Premiere. Nacional fue el ganador del torneo Apertura y de esa forma aseguró su presencia en el cuadrangular definitivo de final de año. Primer puesto, que era una guerra de tres equipos, junto con los blanquiazules, el Bilbao Atlético Club y el Real Santander se disputaron esa única plaza de promoción, que al final lograron los vizcaínos. Ante la Dimayor, el nombre del equipo jamás cambió y la ficha que ocupó era, en efecto, la del Atlético Nacional. Goleó 5-2 al Unión Magdalena, 2-5 al Atlético Manizales, 2-8 a Santa Fe en el Campín y dos veces al América, 5-2 como local y 2-6 en condición de visitante.