El nuevo filial pasara a denominarse Burgos Club de Fútbol camisetas de futbol replicas Promesas. El 4 de mayo de 2020, el club suscribe un acuerdo de filialidad con el Burgos Promesas que compite en la Tercera División. Tras 4 temporadas entre la Regional Ordinaria y la Regional Preferente y tras dos ascensos, compite finalmente en la Tercera División durante las temporadas 2006/07 y 2007/08. El equipo desaparece en esta última temporada después de descender a Regional Preferente y el club no poder mantenerle en esa categoría. En los partidos, los aficionados cantan cánticos como «Mi fiel amigo», «Vamos Burgos, ale», «El día que me muera», «Vamos matagigantes» o, el más conocido en las últimas temporadas, «Orgullo y Tradición», que suele cantarse también junto al equipo al finalizar los encuentros. Los desplazamientos más numerosos de los últimos años fueron al Ramón Sánchez-Pizjuán de Sevilla en 2007 (Play-Off de ascenso a 2.ª División), con más de 1.000 blanquinegros desplazados, y al derbi provincial ante el CD Mirandés, en el Estadio Municipal de Anduva, también con más de 1.000 aficionados ocupando la grada supletoria del feudo mirandés. Tras clasificarse para la nueva Primera RFEF, el conjunto burgalesista concluyó primero de su grupo en la última fase, lo que le valió el billete para la Fase Final por el ascenso que se decidiría, en una única sede, en Extremadura.
Sin embargo, posteriormente el equipo entró en una dinámica negativa ante la complejidad de su nueva categoría, por lo que en unas pocas semanas se metió en la lucha por la permanencia, tras 19 jornadas David Vilajoana fue cesado de su cargo tras caer por 3-0 ante el Club Deportivo Ebro. Inaugurado el miércoles 2 de septiembre de 1964 para un entrenamiento y oficialmente el 13 de septiembre de 1964, en partido de liga ante el Indauchu, siendo el resultado de 2-0 para el equipo burgalés. Hasta la inauguración del estadio en 1964 y desde principios de la década de los años veinte, el club disputaba sus encuentros en el campo de Laserna, junto a la antigua estación de ferrocarril. El Burgos Club de Fútbol juega de local en el Estadio Municipal de El Plantío, propiedad del Ayuntamiento de Burgos. Tras el ascenso a la Segunda División, la importante deuda económica que tenía el club y las reformas que los máximos accionistas tuvieron que acometer en el estadio para poder competir en la categoría, el director deportivo Michu y el entrenador Julián Calero confeccionaron una plantilla con el objetivo de conseguir la permanencia.
El entrenador elegido es Jon Pérez Bolo y junto con Michu, se confecciona una plantilla de garantías para no pasar apuros e intentar conseguir una de las plazas que dan acceso a disputar el play-off de ascenso a la Primera División. En la temporada 2011/12, tras la renovación por un año más del acuerdo de filialidad firmado entre ambos clubes en el verano de 2010, el equipo filial bajo la denominación de Burgos B Bupolsa, quedó en el puesto 16.º del grupo VIII de la Tercera División. El Burgos CF «B», primer filial blanquinegro, surgió en la temporada 2002/03 con la idea de formar y nutrir de futbolistas al primer equipo. Esta posición le habría valido para permanecer en la categoría, pero el descenso del primer equipo desde la Segunda División B, hizo que el filial descendiese directamente a la Primera División Regional Aficionados de Castilla y León. Posteriormente, empezó a fabricar equipos que se utilizan en fútbol, división que adquirió un importante porcentaje dentro del volumen de negocio de la marca. A partir de este momento, por quince años el fútbol con componente principalmente criollo fue apartado por los inversionistas que se formaron en las colonias de inmigrantes, ya que los criollos no podían competir económicamente con equipos sudamericanos o europeos.
En la temporada 2010/11, el Burgos CF y el por aquel entonces equipo de la capital bajo la denominación de Club Deportivo Estructuras Tino, firman un convenio de filialidad en el verano de 2010; en el cual el Burgos CF se compromete a ayudar económicamente al filial y este cedería jugadores cuando el primero lo requiriese. El escudo del Burgos Club de Fútbol ha sufrido numerosas modificaciones a lo largo de la historia del club. En el primer tercio de la temporada, los resultados y sobre todo la capacidad defensiva del equipo; que provocaron el récord de imbatibilidad del guardameta José Antonio Caro en la historia del fútbol profesional con 1.293 minutos y que batió el anterior récord, en manos del guardameta Abel Resino, que consiguió estar 1.275 minutos imbatido con el Atlético de Madrid en la temporada 1990/91 en Primera División; hicieron que el equipo fuera líder de la categoría en la jornada decimocuarta y ocupando los puestos de play-off de ascenso a la Primera División durante varias jornadas. La tercera temporada consecutiva en Segunda División, la 2023/24, el objetivo continúa siendo la permanencia pero no se descarta el intento de jugar los play-off de ascenso a la Primera División.
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