Al finalizar la temporada se anuncia el adiós de Ramón Calderé, el entrenador que consiguió el ascenso el año anterior y la permanencia en la división de bronce del fútbol español. En la temporada 2003/04, ya en el grupo II, el equipo acaba en quinta posición y no consigue clasificarse para la fase de ascenso, cosa que sí conseguiría en la temporada 2004/05. Con Fede Castaños en el banquillo, el equipo es eliminado en la primera eliminatoria del play off de ascenso por el Conquense. La temporada 2014/15, el club confía el equipo al entrenador Fede Castaños. Juan Manuel Barroso, avisado por el presidente para que haga una plantilla lo más barata posible, empieza a fichar jugadores sin consultar con el entrenador y vienen futbolistas mediocres que la temporada anterior habían descendido con sus equipos a la Tercera División. El presidente Juan Carlos Barriocanal decide fichar a un director deportivo, Juan Manuel Barroso, una figura que es un lujo innecesario para esta categoría. Es en la temporada 2000/01 y con Carlos Terrazas en el banquillo, el equipo consigue ascender a la Segunda División. La temporada 2007/08 estuvo marcada por la austeridad económica. No fue hasta 2007/08 cuando el club recobró la máxima categoría.
Pronto el equipo se pone líder del grupo VIII de la Tercera División y ya no lo soltaría hasta el final de liga, consiguiendo el noveno título de esta división en la historia del club. Félix Arnáiz Lucas comienza la temporada en el banquillo manteniendo al equipo en la zona media pero a la directiva no le convence y es sustituido por el entrenador del filial por aquel entonces, Alberto González, camisetas futbol baratas que no consigue mejorar los resultados y acaba presentando la dimisión. En la temporada 1999/2000, Félix Arnáiz Lucas dirige al equipo desde el comienzo de la temporada y el equipo acaba 3.º con Roberto Peragón como estrella del equipo. En la primera de ellas, queda emparejado con otro filial, esta vez el del Almería, el Almería «B», quedando nuevamente eliminado y quedándose una temporada más sin el premio del ascenso. Queda campeón del grupo II de la Segunda División B y en la liguilla de ascenso Sabadell, AD Ceuta y CD Ourense son los rivales.
Los pimentoneros son los que finalmente ascienden. Al igual que en los últimos mundiales, se realizó una canción para acompañar el torneo. En el play-off ACB, el Power al acabar terceros en la liga regular, se enfrentó al quinto clasificado, el Bizkaia Bilbao Basket, pero perdieron la eliminatoria por un sorprendente 2-0. Además, después de ser eliminados en primera ronda, se decidió no renovar a Svetislav Pešić, una decisión bastante protestada por la afición «taronja». En los play offs de ascenso, quedó emparejado con el filial del Deportivo de la Coruña, el Depor «B», perdiendo la eliminatoria en el partido de vuelta en el estadio de Riazor en la tanda de penaltis; pero al haber acabado la liga como líder de grupo, al Burgos CF todavía se le concede otra oportunidad de ascenso en caso de ganar otras dos eliminatorias más. El equipo acaba subcampeón del grupo II y en el play off de ascenso elimina al Alcoyano en los penaltis en la primera eliminatoria pero no puede hacer lo mismo en la segunda y definitiva eliminatoria ante el filial Sevilla Atlético, quedando eliminado el cuadro burgalés con un gol en la prórroga (1-0 gol de Lolo) en un partido disputado en el estadio Sánchez Pizjuán.
↑ La LFP dio como ganador al Toulouse FC tras la invasión del terreno de juego por parte de espectadores del FC Nantes. En esta temporada, el club pierde a uno de sus jugadores más emblemáticos, Antonio Caro Peña, que cayó lesionado algunas jornadas antes de finalizar la liga y decide retirarse del fútbol como profesional y quedándose dentro de la entidad como gerente durante unos años. El primer equipo del juvenil milita en el Grupo III de la División de Honor Juvenil de España. Así comienza la temporada 2008/09. Entrenado por Javier Álvarez de los Mozos, el equipo queda en tercera posición del grupo VIII. En la siguiente temporada 2010/11, la tercera consecutiva del equipo tras el último descenso y con Carlos Tornadijo en el banquillo, el equipo comienza muy fuerte y pronto se pone líder; pero al comienzo de la segunda vuelta, el equipo empieza a encadenar una serie de resultados negativos que acaban con la destitución del entrenador buscando la directiva un revulsivo en la persona de Julio Bañuelos, quien enderezó el rumbo y consiguió proclamar al equipo nuevamente campeón del grupo VIII consiguiendo el octavo título de Tercera División.