Finalmente, varios clubes tuvieron diferencias con la Federación Deportiva del Guayas y el malestar conllevó a la finalización de la era del amateurismo en el fútbol. También mantiene una fuerte rivalidad con el Albacete, donde los aficionados de ambos clubes mantienen muchas diferencias. Solo hubo cinco incorporaciones (entre ellas Ricardo Oliveira y Fabián Canobbio) que en general no fueron del agrado del entrenador madrileño, lo que le provocó un fuerte malestar. La afición se encontraba dividida entre partidarios del italiano o del entrenador. El propio Soler calificó la operación como un «pelotazo» urbanístico favorable para el Valencia, pero la oposición al alcalde de Ribarroja del Turia y la plataforma vecinal ecologista «Salvem Porxinos» (Salvemos Porchinos) rechazaron la viabilidad y legalidad del plan y lo llevaron ante el Tribunal Superior de Justicia. A través de la empresa Litoral del Este, creada especialmente para esta operación y participada 100% por el Valencia CF, el club invirtió 60 millones de euros en comprar campos de naranjos de la zona con la empresa inmobiliaria madrileña Nozar, y 20 millones en el Ayuntamiento de Ribarroja del Turia para la ejecución del PAI.
En la temporada 2006/07, Juan Soler hace alarde del gran estado económico de sus negocios en la construcción y lleva a cabo fichajes millonarios como el de Joaquín Sánchez, futbolista del Real Betis deseado por los grandes equipos españoles y europeos, que se convirtió en ese momento en el fichaje más caro de la historia del Valencia al costar 25 millones de euros. A pesar de ello, el entrenador holandés empieza a contar en el equipo con la joven promesa Juan Mata, futbolista que no contaba en absoluto para el anterior entrenador, Quique Sánchez Flores. El histórico momento valencianista no pudo ser perfecto al anunciar Rafa Benítez su marcha al Liverpool FC al no sentirse valorado por el club y por discrepancias con el director general, Manuel Llorente, pero la cosecha de títulos se completó en verano, el 27 de agosto de 2004 con la Supercopa de Europa contra el campeón de Europa, el Oporto, por 2-1 con goles de Rubén Baraja y Marco Di Vaio, ya con Claudio Ranieri como nuevo entrenador del equipo en su segunda etapa como entrenador valencianista. El entrenador escogido para dirigir al Valencia fue un casi desconocido hasta el momento, el madrileño Rafael Benítez procedente del CD Tenerife, recién ascendido de la Segunda División.
El presidente Pedro Cortés ligó su marcha del Valencia a la venta del jugador insignia durante los últimos años, así que abandonó la presidencia y la dejó en manos de Jaime Ortí. En la temporada 2015 se crea la LNFA Serie C con los equipos que renuncian a participar en la Serie B debido a la dispersión geográfica de los dos grupos en que se divide y que conlleva costes económicos inasumibles para ellos, y con los equipos de nueva incorporación a la LNFA. Después militó en la División de Honor de la Federación Vizcaína de Fútbol (categoría por debajo de la Tercera división española) hasta la temporada 2011-2012 en la que ascendió gracias a su segundo puesto en los play off y la desaparición del Sociedad Deportiva Lemona, por lo que actualmente milita en Tercera División. La temporada arrancó de forma muy irregular, con una victoria en Mestalla 1-0 contra el Real Madrid gracias al gol de Miguel Ángel Angulo en el debut de Zinedine Zidane en la Liga española, con muchos empates (8 en las primeras 13 jornadas), con la eliminación de la Copa en octubre ante el Novelda CF de 2.ªB por alineación indebida de cuatro futbolistas extra-comunitarios en los últimos minutos, y sin conocer la derrota en Liga hasta la jornada 14. La irregularidad fue tal que el equipo llegó a deambular por el 7.º, 8.º y 10.º puesto de la clasificación, motivo que hizo que el pesimismo de la afición aflorara.
Se clasifició como primero de grupo gracias a 3 victorias y 3 empates, y con los mismos puntos que el Manchester United (12 puntos), pero con mejor gol-average. Debutó el 26 de junio de 2007 frente a Perú en donde sorpresivamente cayó goleado 3 a 0. Para la fecha siguiente se enfrentó a Bolivia, considerado el combinado más débil del grupo, y consiguió la victoria solo por 1 a 0. Para la última fecha debió enfrentarse a los locales, con quienes empataron 0 a 0, finalizando tercero en su grupo con 4 puntos. El Valencia necesitaba ganar para seguir con posibilidades de victoria y al descanso el equipo se encontraba con un marcador de 0-1 en contra y con Amedeo Carboni expulsado. El defensa, también conocido como defensor, es el jugador ubicado una línea delante del guardameta y una por detrás de los centrocampistas, cuyo principal objetivo es detener los ataques del equipo rival. El principal problema era que el campo de La Punta ya no estaba disponible y era preciso jugar en terrenos prestados, normalmente el de Basabe (Cruces-Baracaldo), o el de Etxezuri, hoy desaparecidos.
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