↑ Circunstancia solo igualada por el Sevilla Fútbol Club a principios del nuevo camisetas de futbol baratas siglo. En esa fase, el club ‘Cardenal’ quedó último del Grupo A, siendo superado por Atlético Nacional, Deportivo Cali y Boyacá Chicó. El uniforme del Club Atlético Peñarol es el utilizado por los jugadores del club de fútbol Peñarol tanto en competencias nacionales como internacionales. Tales resultados generaron cierto disgusto por parte de algunos hinchas sobre la gestión y continuidad del DT Wilson Gutiérrez, los cuales pedían que fuese licenciado del club. F. C. Barcelona en el verano de 2004 tras ver el jugador un mayor interés de estos en sus cualidades que el club madrileño. Ya en el cuadrangular A, Santa Fe debió medirse con Deportes Tolima, Atlético Huila y La Equidad respectivamente, perdiendo al final de esta fase la opción de disputar una nueva final en el fútbol colombiano, al caer como local en el último partido 1-0 con al Deportes Tolima, (posterior subcampeón del Torneo Finalización 2010), dejando al club bogotano segundo en su grupo con 10 puntos, uno menos que los de Ibagué.
Se corona a un equipo ganador en el año, el cual clasifica a la fase de grupos de la Copa Libertadores Femenina del mismo año y a la Copa Hispanoamericana, enfrentándose a las campeonas de la Primera División Femenina de España. Santa Fe queda eliminado, en el puesto 14, principalmente debido a la participación en la Copa Libertadores. Santa Fe comenzó la temporada 2006 clasificando a la fase de grupos de la Copa Libertadores 2006, luego de empatar sus dos juegos contra el Defensor Sporting de Uruguay, pero gracias a sus anotaciones como visitante en el empate 2-2 en Montevideo, y la paridad 0-0 en Bogotá, el equipo bogotano se logra ubicar en el grupo 2 de la copa. A pesar del descenso el club mantuvo un potencial considerable, ya que siempre acababa en los primeros puestos y se clasificó para la fase de ascenso en 1964, 1965, 1966 y 1968; pero no consiguió ascender.
13 puntos, los mismos del club cartagenero que descendió a la Primera B. Siendo esta la peor campaña en la historia del club cardenal. En la fase final del Todos contra todos, Santa Fe clasificaría en el segundo lugar, con 29 puntos; logrando a lo largo de su campaña 7 victorias, 8 empates y solamente 3 derrotas; lo cual ha sido catalogada como una de las mejores temporadas de los cardenales, y que lo conllevaría, gracias a la continuidad del proceso del año 2011, a ser catalogado como El mejor equipo de Colombia por la IFFHS. En el camino para obtener su segundo título de Copa México, el Monterrey superó la fase de grupos en primer lugar del grupo 2 y tercer lugar de la tabla general gracias a su triunfo de local y empate de visita ante los Pumas de la UNAM (1-1 y 3-1), así como sus victorias de local y visitante ante el Celaya (3-0 y 0-1). Esto le permitió jugar todos sus partidos de la fase final a juego único en condición de local. El extécnico cardenal finalizó su segundo ciclo con el equipo capitalino con un 50% de rendimiento, al obtener 11 victorias, 7 empates y 9 derrotas en 6 meses a cargo, y estar en la sexta posición del Torneo Finalización 2011 con 8 puntos, a dos del primer lugar.
Para el Torneo Finalización 2006, Ricardo Gareca dimite a su cargo en la octava jornada luego de la goleada sufrida por Santa Fe 1-4 frente al Deportivo Pereira en el Estadio El Campín. Competición en la que paralelamente queda eliminado luego de caer en su edición 2010, en la ronda de los octavos de final frente al Atlético Mineiro de Brasil por marcador global 1-2. En las rondas previas Santa Fe había superado en la copa a los equipos venezolanos del ACD Lara (4-2) y Caracas FC (2-1) respectivamente. El 3 de mayo, luego del empate 1-1 frente a Atlético Nacional, Bolillo renunció de nuevo, pero esa vez los directivos de Santa Fe aceptaron su dimisión. Finalmente, también perdió el partido por el bronce frente a Hungría. Ya en el trámite del partido los locales se fueron en ventaja al minuto 25 de juego luego de un gol de tiro libre ejecutado por el juvenil Kévin Rendón sin embargo faltando dos minutos para finalizar la primera etapa y tras un cobro de tiro de esquina, fue el también juvenil Julián Quiñones el encargado de poner las tablas en el marcador a la espera de lo que pudiera suceder en el partido de vuelta.