Por ende, el ente organizador del fútbol profesional colombiano exigió al conjunto verdolaga una solución a las irregularidades antes del inicio del torneo, so pena de ser desafiliados y reemplazados por el naciente conjunto Once Caldas de Manizales. En 1966, tras la buena actuación del año anterior, las expectativas eran grandes, como también fue la inversión de los dirigentes para armar una nómina competitiva. Urriolabeitia mantuvo el doble cargo hasta mitad de año cuando se contrató al uruguayo Juan Eduardo Hohberg, quien también se desempeñaría como jugador y técnico a la vez. Técnicamente, se trata de una selección que puede también ser considerada sub-23, ya que el requisito de que sus jugadores deban de ser menores de 21 años se exige al comienzo de cada Eurocopa, pero al durar ésta dos años, algunos futbolistas la disputan hasta los 23 años. Fontaine anotó trece goles en este torneo, récord de anotaciones en un solo mundial que se mantiene hasta la actualidad. A finales de marzo de 1958, cuando ya era un hecho confirmado que el Independiente Medellín desaparecía una vez más, Nacional hacía una declaración similar en la que informaba de su liquidación y en la que sólo se le renovaría el contrato a cinco jugadores, dejando al resto en libertad de escoger donde jugar ese año.
Los años 60 se caracterizaron por la falta de logros deportivos; si bien, continuaron con la nómina de puros criollos, ese año y el siguiente (60 y 61) el equipo terminó en la cola del campeonato. Lo poco para rescatar, la contratación en 1962 del argentino Eduardo Balassanián, gran atacante que con sus goles brilló en un equipo opaco. Puesto que los jugadores extranjeros eran demasiado costosos, sólo futbolistas colombianos hicieron parte de la natillera; entre ellos se encontraban cuatro jugadores del desaparecido Independiente Medellín. En aquel torneo de 1958, el Atlético Nacional / Independiente Nacional cumplió una buena presentación: ocupó el quinto lugar y durante gran parte del campeonato estuvo de segundo y peleando la punta. El Club Atlético Mitre fue fundado el 2 de abril de 1907 por Francisco Igounet. Para ello, hablaron con los liquidadores del equipo, Francisco Robles y Antonio Patiño Vinasco, con el fin de que este último, gracias a su relación con las directivas de la DIMAYOR, mantuviera los derechos de participación (o ficha) del Atlético Nacional y, así, que la natillera pudiera disputar el torneo profesional de fútbol. El conjunto sureño siguió adelante por el valor doble de los goles marcados fuera de casa al empatar primero a uno en el Francisco Peraza y más tarde a cero en La Palmera.
Años después fue también entrenador del conjunto madrileño. El 19 de diciembre, menos de un mes después de abandonar el Racing de Santander, el presidente del Orduspor anunció la contratación del técnico argentino, quien se comprometió con el conjunto turco para la próxima temporada y media. De este modo, la flota de Turkish Airlines superará las 425 unidades, incluyendo aviones de mercancía, y para 2020 habrá reducido la edad media de sus aeronaves a 5 años, reduciendo los 7 de la actualidad. La selección de fútbol sub-20 de Israel es el equipo formado por futbolistas de nacionalidad israelí menores de 20 años de edad que representa a la Asociación de Fútbol de Israel en el Mundial sub-20. El partido decisivo entre ambos se jugó en el estadio Pascual Guerrero faltando nueve fechas para la terminación del campeonato; fue victoria del local por 1-0 y a pesar del acoso del verde, camisetas futbol baratas el equipo caleño pudo conservar la punta. Durante 1962 y 1963, los resultados continuaron siendo negativos, aún a pesar de la contratación de extranjeros. De la Argentina, Hernán Botero (que ya era presidente) contrató a Juan Carlos Baiolli y un trío de volantes que después serían conocidos como los «Óscares»; Óscar López, Óscar Romero y el creador, Óscar «El Coco» Rossi, quien había jugado para la selección de su país en el mundial de Chile 1962. Junto con ellos el presidente contrató al arquero Luis Largacha, al paraguayo Onofre Benítez, a los argentinos (que ya jugaban en Colombia) Eugenio Casalli y Oswaldo Sierra.
En mayo, el elenco verdolaga inició su participación en el campeonato bajo el nombre extraoficial de «Independiente Nacional», denominación adoptada por los jugadores para declarar que no solo era un equipo compuesto únicamente de jugadores colombianos sino que estos actuaban de forma «independiente» al sistema vigente en el fútbol colombiano, en el que los equipos no tenían problema en garantizar la titularidad de los jugadores extranjeros en los partidos en detrimento de los futbolistas nacionales. En consecuencia, se firmó un contrato de arrendamiento entre los participantes de la natillera y los liquidadores del Atlético Nacional: los jugadores recibirían el dinero de las taquillas, de allí pagaban los gastos del alquiler del estadio y del arriendo a los liquidadores del equipo verdolaga y se repartían lo que quedaba. Esto, a su vez, puso en evidencia, ante la prensa y el público en general, el arreglo pactado entre los jugadores de la natillera y los liquidadores del equipo quienes, a su vez, habían mantenido pausada la liquidación del Atlético Nacional durante 2 años, en franca violación a los estatutos de la DIMAYOR. Originalmente, se esperaba que la natillera continuara operando para el campeonato profesional de 1960, pero el descalabro financiero sufrido en el internacional de amistosos disputado en Medellín a principios de ese año, con la participación de los equipos Huracán de Argentina, Sao Paulo de Brasil y el Deportivo Independiente Medellín, llevó a la desintegración del plantel de jugadores que sostenían el proyecto, destacando la partida del «Turrón» Álvarez al Deportivo Cali.