Atlético Nacional se convirtió, con esta conquista, en el primer equipo conformado únicamente por jugadores colombianos campeón del fútbol local, todos los demás, incluido el Verde Paisa, replicas camisetas futbol habían tenido -desde 1948- al menos un extranjero en su plantel. No participó en la Copa Libertadores de 1994. Disputó una vez más la Supercopa, en donde Nacional quedó eliminado en la primera fase, nuevamente a manos del São Paulo F. C. brasilero, cayendo 0-2 en el Atanasio Girardot y un empate a un gol en el «Morumbí». Así, el Athletic alcanzó la final de la Copa del Rey y, posteriormente, se clasificó para disputar una final europea tras treinta y cinco años sin hacerlo. La Copa Libertadores de 1993 resultó la más floja de las seis que jugó en siete años (de 1989 a 1995), pues Nacional fue eliminado en octavos de final frente a la Universidad Católica de Chile, perdiendo 2-0 en Chile y ganando 2-1 en Medellín.
En 1992, disputó la Copa Libertadores, pasando sin problemas la primera ronda enfrentándose al Sport Boys y Sporting Cristal de Perú, y al América de Cali, con el que cayó 2-0 en Cali, pero al cual venció 3-0 en Medellín. Después de ser primero en la reclasificación, en los cuadrangulares semifinales le correspondió jugar con el Independiente Medellín, Envigado F. C. y el Deportivo Cali, ganando el grupo con 10 puntos. Luego de una semifinal en compañía del Junior, América de Cali y Deportivo Cali, Nacional se perfilaba, junto a los Diablos Rojos, como favorito al título. Lautaro Germán Acosta (Glew, Provincia de Buenos Aires, Argentina, 14 de marzo de 1988) es un futbolista argentino que se desempeña como delantero en el Club Atlético Lanús donde es uno de los máximos ídolos históricos del Granate, habiendo participado en cinco de los seis títulos obtenidos por el club, y siendo una figura destacada en cada uno de ellos. La semifinal tuvo a Nacional enfrentándose contra el River Plate de Argentina, al cual venció 1-0 en Medellín con un gol de René Higuita de tiro libre. El conjunto colombiano forzó al equipo italiano a un extratiempo prolongado al máximo, hasta el tiro libre cobrado por Alberigo Evani al minuto 119 que le dio la victoria al equipo italiano.
En 1996, llegó hasta octavos de final en la Supercopa Sudamericana. Hay que mencionar también su participación en la Supercopa Sudamericana, donde llegó hasta octavos de final, siendo eliminado por el Cruzeiro E. C. de Brasil, empatando 1-1 en Medellín y cayendo goleado por 8-0 en el partido de vuelta en Belo Horizonte. En la Supercopa de ese año ocurrió una eliminación en cuartos de final frente al Independiente de Avellaneda. Para esta temporada se da el regreso de los siguientes equipos: Albacete Balompié, Racing de Santander y Club Deportivo Leganés, quienes estuvieron tres, una y diez temporadas, respectivamente, en la Segunda División B; también se dio el ascenso, por primera vez a la Segunda División, de la Unió Esportiva Llagostera. Atlético Nacional de Medellín había sido coronado en 1989 como campeón de la Copa Libertadores de América, y en el mismo año Pumas de la UNAM como ganador de la Copa de Campeones de la CONCACAF, por lo tanto se enfrentaron el 25 de julio de 1990 en Medellín dejando como ganador al verde 2-0. Siete días después en el partido de vuelta en la Ciudad de México, Nacional volvió a triunfar, esta vez 4-1. En el resultado global, Nacional le ganó 6-2 a Pumas de la UNAM.
Avanzó nuevamente a las semifinales de la Copa Libertadores y fue otra vez eliminado por Olimpia de Paraguay. Junior ganó, se coronó campeón y DIM volvía a la Libertadores. En el partido de vuelta, el resultado fue de 1-1 y el conjunto Carioca se consagró campeón del certamen. En el primer partido, el 10 de mayo, en Montevideo, terminó 0-0. El de vuelta, el 17 de mayo, terminó 6-0 a favor de los colombianos, clasificando a la final. El partido de vuelta, en Buenos Aires, River venció a Nacional 1-0, pero los verdes pasaron a la final mediante los penales. Disputó la final de Copa Libertadores frente al Gremio de Porto Alegre de Brasil, en donde cayó 3-1 en el partido de ida jugado en Brasil. Jugó los octavos de final ganándole a C. A. Peñarol uruguayo por el mismo marcador de 3-1 en ambos partidos jugados en Medellín y en Montevideo. En el cuadrangular final le correspondió con Millonarios F. C., América de Cali y el Independiente Medellín. La Copa Interamericana se realizaba un año después entre el ganador de la Copa Libertadores de América y el ganador de la Copa de Campeones de la CONCACAF. El mismo año año debía participar en la Supercopa, pero fue forzado a renunciar por una sanción de la Conmebol tras un partido de la Copa Libertadores de ese año contra Vasco da Gama a raíz de las amenazas telefónicas recibidas por el árbitro Juan Daniel Cardellino antes del partido Atlético Nacional 2 – Vasco da Gama 0. Dicho encuentro fue anulado y posteriormente vuelto a jugar en el Estadio Santa Laura de Santiago de Chile.