El club argentino C. A. River Plate fue el primer invitado debido al gran renombre adquirido en años anteriores, pero debido a la mala situación que atravesaba el fútbol en Argentina, con la salida del país de algunos de los mejores jugadores provocado por la huelga futbolística que se atravesaba, éstos remitieron al club blanco a invitar al Club Deportivo Millonarios de Colombia, acreditándole como el mejor equipo de Sudamérica en la época, y que contaba con numerosas estrellas, camiseta futbol muchas de ellas argentinas. Por lo que respecta al fútbol, fundó su primer equipo femenino en 1989 y alzó su primera Liga de Primera División en 1990, aunque esa sección femenina -junto con todas las demás secciones polideportivas, masculinas y femeninas, con las que contaba el club y entre las que destacaba la de balonmano- desaparecieron pocos años después. A pesar de las diferencias entre ambos conjuntos, el partido terminó en un apretado (1:2) en favor del visitante, si bien días después perdió carácter de partido oficial ante la FIFA ya que la terna arbitral era ecuatoguineana. Por otro lado, hubo y hay jugadores vinculados a Guinea Ecuatorial que disputaron partidos oficiales con selecciones absolutas de otros países tales son los casos de Álvaro Cervera (nacido en Malabo), Vicente Engonga (de padre ecuatoguineano) y Lamine Yamal (de madre ecuatoguineana) con España, de Théodore Nzue Nguema (Teodoro Nsue Nguema, nacido en Mongomo) con Gabón y de Laureano Bisan-Etame «Lauren» (de padres ecuatoguineanos) con Camerún.
En tanto que la segunda incluía a cameruneses, ghaneses, nigerianos y senegaleses (entre otras nacionalidades) y ésta era más desigual ya que algunos de sus jugadores recibieron su primera convocatoria estando en algún club de la liga ecuatoguineana, aunque sin tener necesariamente muchos años vividos en el país, mientras que otros de los africanos al igual que los sudamericanos nunca habían estado en Guinea Ecuatorial antes de jugar para su selección y llegando a la misma a través de recomendaciones de empresarios, así como también de jugadores que ya formaban parte del equipo. En septiembre de 2007, disputó un partido válido para la clasificación hacia la Copa Africana de Naciones de 2008 celebrada en Ghana, la selección hizo una pequeña gran hazaña derrotando en el Estadio de Malabo 1 – 0 a su vecina y poderosa Camerún (que venía invicta en el grupo). También a nivel internacional los «azzurri» (azules, por el color de su camiseta) subieron a niveles excepcionales: por ejemplo el Deportivo Italia consiguió la hazaña de vencer el equipo Campeón de Brasil en el mismo estadio Maracana en la Copa Libertadores 1971, con el famoso Pequeño Maracanazo. El equipo disputó paralelamente la fase preliminar de la clasificación para el Mundial de 2014, ganándole la eliminatoria a Madagascar (2:0 en Malabo y derrota 1:2 en Antananarivo) y avanzando a la fase de grupos.
Los siguientes jugadores fueron convocados para disputar los partidos de la clasificación para la Copa Mundial de Fútbol de 2026 contra Túnez y Malaui el 5 y 10 de junio de 2024, respectivamente. Partidos y goles actualizados al 10 de junio de 2024 tras el partido contra Malaui. Guinea Ecuatorial disputó una serie de partidos amistosos para prepararse tanto para la Copa Africana de Naciones 2012 como para las eliminatorias de la CAF rumbo a la Copa Mundial de Fútbol de 2014. Consiguió derrotar a Liberia (1:0), pero sucumbió ante las selecciones de Costa de Marfil (0:2), Cabo Verde (0:5), Mali (0:3), Estonia (0:3), y tras catorce meses sin partidos cae frente a Marruecos (1:2). A partir de aquí se renovó parte del plantel de convocados. Fue el guardameta del Barcelona en las dos primeras ediciones de la Copa Macaya, el primer campeonato de fútbol reglado disputado en España y que posteriormente se reconoció como Campeonato de Cataluña. Santa Fe anotó 57 goles, seis más que el campeón, y ocupó al final el 4° puesto, con 29 puntos, a seis del campeón, y a cuatro del subcampeón, el Quindío; es decir, de haber ganado ese partido, Santa Fe habría compartido subcampeonato con el Boca Juniors.
Chad (2:0) y Gambia (1:0), cortando así la racha de seis derrotas. A pesar de hacer un gran partido en la ida venciendo a los togoleses por (1:0), fueron eliminados en la vuelta tras perder por (0:2). Al año siguiente, Engonga es despedido y su reemplazante es el brasileño Antonio Dumas, quien ya había estado en contacto con Guinea Ecuatorial pues era el seleccionador de Togo en aquellos partidos eliminatorios. Por el tercero, recibió a Nigeria, cayendo (1:0). En la vuelta de este grupo, también sufrió la derrota de visitante a manos de Nigeria por (2-0) y su eliminación se da cuando en el quinto partido cae (2:1) (con gol de penal de Rodolfo Bodipo) con Sierra Leona en Freetown. En el año 2008 Guinea Ecuatorial, junto a las selecciones de Nigeria, Sierra Leona y Sudáfrica, formó parte del Grupo 4 de la segunda ronda de la clasificación de CAF para la Copa Mundial de Fútbol de 2010. En su primer partido, disputado el 1 de junio de 2008, venció como local a Sierra Leona por (2:0) (goles anotados por Ronan y J. Epitié). En octubre de 2010 el Nzalang Nacional perdió de local contra Botsuana (0:2), derrota que derivó en disturbios por parte de los aficionados y represión policial.