Torneo Regional: fue un torneo organizado por la Asociación del Fútbol Argentino que se disputó entre las temporadas 1967 y 1985-86, nucleando a los clubes indirectamente afiliados, como una de las formas de clasificar a sus representantes en el Campeonato Nacional (en sus dos primeras ediciones, además, clasificó a equipos para el Torneo Promocional). A nivel nacional, el campeonato se ubica por debajo de la 4.ª categoría para los clubes indirectamente afiliados a la AFA, más específicamente debajo del Torneo Regional Federal Amateur. Nacional fue el ganador del torneo Apertura y de esa forma aseguró su presencia en el cuadrangular definitivo de final de año. Ante ese panorama se decidió volver a contratar jugadores extranjeros y de esta forma se terminó con la segunda época de nacionalismo. Sin embargo, algunos jugadores, liderados por Humberto «Turrón» Álvarez y Ricardo Ruíz, idearon una forma de alquilar la ficha del equipo ante la Dimayor, se asociaron utilizando las denominadas «Natilleras», práctica común en Antioquia que consiste en un grupo de personas que aportan dinero con el fin de lograr un objetivo común, gracias a esto, los jugadores recibieron el dinero de las taquillas, de allí pagaron los gastos del equipo y el alquiler de la ficha, y se repartieron lo poco que quedaba.
Ante la Dimayor, el nombre del equipo jamás cambió y la ficha que ocupó era, en efecto, la del Atlético Nacional. En mayo, Nacional inició su participación en el campeonato bajo el nombre extraoficial de Independiente Nacional, denominación adoptada por los jugadores, pero que nunca apareció en las planillas oficiales. Puede haber empate en caso de que los dos equipos tengan los mismos puntos, aunque en las fases finales de competiciones se disputa una prórroga. También existe una cierta relación entre este deporte y el fútbol gaélico, camiseta de fútbol por el que algunos jugadores de la República de Irlanda han comenzado a jugar en equipos de la AFL. Lo destacable fue la regularidad de Balassanián que continuó haciendo goles, y el marcador de punta Cristóbal Yotagrí, quien se destacó como uno de los mejores jugadores del campeonato. El primer partido disputado en el Estadio Atanasio Girardot terminó 0-0 y el marcador se repitió en el Campín, por lo tanto, el título tuvo que definirse en cancha neutral. Nacional inició encima del marcador con gol de Hernando Piñeros en el segundo tiempo, pero el visitante logró sacar un empate a cinco minutos del final. Ocupó el quinto lugar y durante gran parte del campeonato estuvo de segundo.
La alianza con el Independiente Medellín tan solo duró un año, aunque la singular denominación continuó durante el siguiente campeonato. Urriolabeitia mantuvo el doble cargo hasta mitad de año, cuando se contrató al uruguayo Juan Eduardo Hohberg, quien también se desempeñó como jugador y técnico a la vez. Lo poco para rescatar fue la contratación en 1963 del argentino Eduardo Balassanián. Para destacar, en marzo de aquel año se incorporó el argentino Jorge Hugo «la Chancha» Fernández, quien fue considerado la mejor contratación del año y posteriormente se inscribiría en la lista de ídolos de Nacional. Durante 1962 y 1963, los resultados continuaron siendo negativos, a pesar de la contratación de extranjeros. Durante el Finalización, Nacional continuó con su regularidad, y terminó en la tercera posición. Los jugadores no cumplieron las expectativas, el equipo terminó en la décima posición y en otra crisis económica. El Independiente Medellín, quien también estaba en una crisis económica, hizo una alianza con Nacional y le prestó algunos jugadores para la temporada. Sin embargo, tras la salida del arquero Luis Largacha por indisciplina (que en ese momento era considerado el mejor arquero colombiano), el plantel se sumió en una crisis interna que repercutió en los resultados deportivos y finalizó en la novena posición.
Bajo la dirección de Iriondo los donostiarras no comenzaron bien el Campeonato y tras perder en Granada en el primer partido de la segunda vuelta el equipo ocupaba la decimocuarta posición. Sin embargo, en la cuarta fecha del torneo finalización cayó en un bache deportivo y pasó 18 fechas sin ganar (mayor cantidad de juegos sin victorias del equipo). Ya con Zubeldía en el mando técnico del equipo, Nacional terminó el torneo del segundo semestre con 26 puntos y clasificó al hexagonal. Para sustituir a Valverde en el banquillo la junta directiva contrató a José Luis Mendilibar, proveniente de la S. D. Eibar de Segunda División, pero pronto fue cesado debido al nefasto inicio de Liga (el segundo peor de la historia del Athletic). En 1973 consiguió su segundo título local. Mientras en el torneo local Pachuca se hundía, disputó mientras tanto la Copa de Campeones de la Concacaf, que representó su segunda participación, camisetas futbol baratas 2024 y se convirtió en su primer título internacional.